لقد واكب التوسع الهائل والسريع لمؤسسات التعليم العالي في المملكة خطوات تنظيمية وأكاديمية وإدارية للإشراف على التعليم العالي وضمان جودته والارتقاء بمستواه,حيث أشرف على الاعتماد وضمان الجودة كل من:مجلس التعليم العالي للفترة من (1990-1999)، ثم مجلس الاعتماد للفترة من (1999-2007)، حيث تم صياغة معايير الاعتماد العام والخاص لاعتماد الجامعات الخاصة وضبط جودة التعليم العالي وضمان مستواه على كافة الأصعدة عن طريق المتابعة والإشراف للتأكد من استمرار تقيد هذه الجامعات بالمعايير والتعليمات، إلى أن صدر قانون هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي رقم (20) لسنة 2007 بتاريخ 25/3/2007 لتحل بموجبه محل مجلس الاعتماد وأعطيت الهيئة استقلالاً مالياً وإدارياً، فكانت الحلقة الأخيرة التي رعتها الدولة الأردنية بتوجيهات سامية لتأكيد دعمها للتعليم العالي وضمان مستواه وجودته على المستويين المحلي والدولي.
ومنذ صدور قانون هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي رقم (20)لسنة(2007)في الجريدة الرسمية رقم (4821)تاريخ 16/4/2007 وبدء العمل به بتاريخ 15/6/2007، عملت الهيئة على صياغة رؤيتها ورسالتها وأهدافها الإستراتيجية وتحقيقها بشكل مؤسسي ومنهجي، كما أخذت على عاتقها كشخصية اعتبارية مستقلة إدارياً ومالياً القيام بمسؤولياتها المنصوص عليها في القانون تجاه التعليم العالي في الأردن وتطويره لترتقي به إلى مستويات عالمية.